Деревья гинкго делятся на дамские и мужские экземпляры. У дамских растений цветки собраны в маленькие зеленовато-желтые соцветия. Прямо до начала цветения юных гинкго нереально точно найти, какое это растение — женское либо мужское. Только делается предположение зависимо от нрава формирования кроны: у мужских экземпляров она обычно пирамидальная и поболее стройная, а у дамских более широкая и круглая.
Деревца гинкго билоба начинают цвести, давать пыльцу и семечки в возрасте 25-30 лет. Ни одно дерево на Земле больше не плодится схожим образом. Метод размножения гинкго сближает его с папоротниками и другими споровыми растениями, у каких оплодотворение осуществляется при помощи плавающих мужских половых клеток. У всех других деревьев мужские половые клеточки без помощи других передвигаться не могут.
Семя гинкго покрыто мясистым покрывалом (подобно сливе) жгуче-вяжущего вкуса, с противным запахом.